Muzej je otvoren za javnost 1966. g. Smješten je u palači Garagnin (odnosno Garagnin-Fanfogna), koja u jednomu svojem dijelu nosi stilska obilježja u rasponu od romanike do baroka, a u drugom je dijelu barokna katnica izgrađena polovicom 18. st. prema zamisli Ignacija Macanovića.

Stalni postav Muzeja prikazuje povijesna kretanja, umjetničke stilove te svakodnevicu grada od srednjeg vijeka do danas.

 

Antičko razdoblje započinje poviješću grčkog naselja Traguriona u 3. st. pr. Krista, potom rimskog Traguriuma, predstavljene odljevom Kairosa i Žene pri radu, ulomcima helenističkih posudica s Čiova, staklom, lucernama, rimskim novcem, amforama, urnama, kamenim natpisima... Izložen je i dio nalaza što ih je Ivan Luka Garagnin (1764. - 1841.), kao jedan od prvih konzervatora, pronašao tijekom arheoloških iskopavanja po Saloni.

Razdoblje od 13. do 16. st., vrhunac društvene, gospodarske, kulturne i umjetničke moći Trogira, predočeno je uporabnim predmetima, zapisima općinske pisarnice o svakidašnjem životu, arhivskom i tiskanom građom: povijesnim djelom Koriolana Cippica O ratovanju Mlečana s Turcima  (inkunabula, 1477.); djelom Plinija Starijeg u talijanskom izdanju De la historia naturale; Titusa Petronija Arbitri fragmentum nuper Tragurij repertum (Padova, 1664.); rukopisnom knjižicom o prodaji trogirskih mlinica (17. st.); prvim izdanjem Statuta (1708.), kojeg je za tisak priredio Ivan Lucić, otac hrvatske historiografije; matrikulom bratovštine sv. Kuzme i Damjana i dr.

Osobito je zanimljiv drveni pijetao, ratni trofej Alviza Cippica skinut s pramca turske lađe iz bitke pokraj Lepanta 1571.

Slijedi prikaz salona plemićkih obitelji 17. - 18. st., predstavljen originalnim namještajem obitelji Garagnin iz 18. st. i onodobnim uporabnim i ukrasnim predmetima.

Iz 19. st. izdvaja se odjeća (frak i prsluk) koju je I. L. Garagnin kao predvodnik izaslanstva nosio tijekom posjeta Parizu 1806. g. Pomorsku tradiciju predstavljaju četiri slike jedrenjaka, čiji je autor Bartul Ivanković. Razdoblje austrijske vlasti (1814. - 1918.) prikazano je dokumentima, fotografijama, razglednicama, odjećom i portretima koji zorno ilustriraju način života i razmišljanja onodobnih Trogirana.

 

U sobi posvećenoj poznatome renesansnom kiparu Ivanu Duknoviću (1440. - 1509.), rodom iz Orihovice, nedaleko od Trogira, izloženi su glasovita Bogorodica s djetetom i  Putto grbonoša s portala palače Cippico (15. st.), djela izuzetne važnosti za hrvatsku povijest umjetnosti.

 

U Muzeju se nalazi bogata biblioteka obitelji Garagnin-Fanfogna koja čuva knjižnu građu od inkunabula do sredine 20. st., a nastala je zaslugom I. L. Garagnina. Tijekom 19. st. preseljena je u prostorije u kojima se i danas nalazi, s oslikanim stropovima i namjenski izrađenim drvenim ormarima za knjige. U knjižnici se nalaze djela sa svih područja ljudskog znanja, a među njima se nekoć nalazio poznati spis tzv. Pacta Conventa iliti Qualiter (danas se čuva u Budimpešti), koji govori o ugovoru hrvatskog plemstva s ugarskim vladarom.

 

Postav Etnografske zbirke, kojom dominira tkalački stan, predočuje život trogirskih pučana te stanovništva zagorskog dijela gradskog zaleđa (izložen je namještaj Zagore, bačvarski i brodograditeljski alat, uporabni predmeti).

Izlošci u Lapidariju prate povijesna i stilska razdoblja od antike do baroka. U prostoru su vidljivi arheološki nalazi: kasnoantička grobnica te helenističko i srednjovjekovno ziđe.

Iz antike potječu grčki i rimski ulomci (atičkog sarkofaga s prikazom dionizijske povorke, reljefa Silvana - delmatskoga pastirskog božanstva, reljefa s likom Herakla, atičkog sarkofaga s likom Ahileja), dijelovi ranokršćanskih sarkofaga, oltarnih pregrada, pilastara... Predromanika je zastupljena dijelovima kamenog namještaja starohrvatskih crkvica iz Trogira i okolice, a gotika ostacima arhitektonskih i dekorativnih elemenata sa srušenih palača, grbovima plemićkih obitelji i arhitektonskim detaljima i skulpturama iz unutrašnjosti trogirske katedrale.
U najvrednijemu, renesansnom dijelu postava Lapidarija, izložena su djela Andrije Alešija, Nikole Firentinca te Ivana Duknovića, kipara koji su obilježili trogirsko renesansno razdoblje, te arhitektonski ulomci javnih i crkvenih objekata (škropionica, kamene ograde, ulomci crkvenog namještaja iz crkve Sv. Duha...).
Barok ilustriraju oltar kućne kapelice palače Garagnin-Fanfogna, ulomci sa zgrade Zdravstvenog ureda - OFFITIUMA SALUTIS, rad Ignacija Macanovića i dr.

U Galeriji Cate Dujšin-Ribar (1897. - 1994.) izložen je dio radova što ih je slikarica darovala svome rodnom gradu, većinom pejzaža s čestim motivom masline, te portreta prijatelja i rodbine.

 

Zbirka keramike Zlate Radej (1922.) obuhvaća skulpture, reljefe i uporabne predmete koje je autorica darovala Muzeju.